출원인이 산업재산권을 출원하면 일정 기간이 지나 특허청의 심사관이 심사를 하게 된다. 심사관은 먼저 출원이 형식에 맞게 작성되었는지 하는 서지사항 심사를 하는데 여기서는 출원인의 성명, 주소, 인감과 발명자의 성명, 주소 등이 제대로 기록되어 있는지를 심사한다. 주소는 주민등록상의 주소가 기재되어야 하고, 인감은 특허청에 등록된 인감을 사용해야 하는데 이 부문이 잘못 기재되었거나 다를 경우에는 이러한 내용을 규명하라는 의견제출통지서를 발하게 된다. 그러면 출원인은 주소를 바로 잡거나 새로운 인감을 신고해야 한다.

이 단계를 마치게 되면 출원의 실질적인 내용을 심사하는 실체심사의 단계로 들어가는데 심사 후 등록에 이상이 있을 때는 담당 심사관이 의견제출통지서를 발송한다. 상표 출원의 경우에는 상표의 구성이나 내용면에서 그 상표가 성질, 효능, 용도, 수량 등을 표시하기 때문에 식별력이 없어서 등록이 어렵다는 의견제출통지서를 발송한다.

해당 상품분류에서 출원상표와 유사한 선출원이나 등록이 있어서 등록이 어렵다는 의견제출통지서를 발송하기도 한다. 디자인의 경우에는 도면의 기재가 서식에 맞게 명확하게 작성되어 있지 않다거나 이미 공개된 디자인과 유사해 등록을 받을 수 없다는 취지이다. 실용신안이나 특허의 경우에는 출원서의 기재가 불명확하다거나 해당 기술 분야에서 “그 발명이 속하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자가 용이하게 발명할 수 있는 것이므로 특허를 받을 수 없다”는 취지의 의견제출통지서를 발하는 경우가 많다.

이러한 의견제출통지서를 받았을 때에 출원인은 이에 대한 답변서와 함께 필요시 출원의 내용을 보충하고 정정하는 보정서를 제출해야 한다. 보정을 한 뒤에도 상품 분류를 벗어나 지정상품을 추가하거나 출원 디자인이나 발명의 범위를 벗어나는 보정을 했을 경우에는 다시 요지변경에 해당하므로 등록을 받을 수 없다는 취지로 거절결정을 할 수 있다.

출원인이나 발명가 또는 출원인을 대리해 출원업무를 돕는 변리사의 입장에서는 심사관의 이러한 실체적인 판단에 대해서 동의할 수 없는 경우가 자주 있다. 현장에서 새로운 내용을 처음 발명하는 것과 일단 완성된 발명에 대해서 사후에 판단하는 것과는 큰 차이가 있을 수 있기 때문이다. 

실체심사에서는 심사관의 개인적인 성향도 많이 작용한다고 볼 수 있다. 심사가 주관적이기 때문에 그렇다고 할 수 있지만 심사관에 따라서는 등록 결정이 까다로운 심사관도 있다. 특허청에서 심사를 담당하던 경험을 돌이켜 보면 심사의 경력이 많지 않은 신참 심사관일수록 심사가 까다로운 경향이 있었다.

선임 심사관의 경우에는 여러 가지 정황을 고려해 등록하는 방향으로 결정하는 경우가 많은 데 비하여 신참 심사관일수록 거절결정을 더 많이 하는 경향이 있었다. 그러나 출원인이나 대리인의 입장에서 생각하면 무엇보다도 심사관이 어떤 마음 자세를 가지고 심사에 임하느냐가 중요하다고 생각한다. 출원을 심사할 때 될 수 있으면 등록해 주는 쪽으로 심사를 하는 자세와 심사를 까다롭게 해 등록을 어렵게 하려는 자세와는 그 결과에 있어서 큰 차이가 날 것이기 때문이다. 대리인으로서 미국이나 유럽 등 해외국가에 출원을 하는 경우가 종종 있는데 똑같은 기술이 한국의 특허청에서 거절결정 되었음에도 불구하고 이들 국가에서는 등록되는 경우가 많다.

이러한 결과를 놓고 보면 이들 국가의 심사관들은 될 수 있으면 등록해 주는 쪽으로 심사를 한다는 생각을 갖게 된다. 이러한 선진국의 예와 같이 우리나라의 심사관들도 될 수 있으면 등록을 도와주는 방향으로 심사를 해 주었으면 좋겠다.

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